Een externe adviescommissie van deskundigen is verantwoordelijk voor de inhoudelijke beoordeling van projectaanvragen. Nadat aanvragen door Stimulus Programmamanagement zijn getoetst op volledigheid, beoordeelt de Adviescommissie de kwaliteit van aanvragen aan de hand van vijf landelijk vastgestelde criteria. De Adviescommissie geeft een zwaarwegend advies aan de Beheerautoriteit op basis van de kwalitatieve rangschikking van de aanvragen. De Adviescommissie kent een vaste kern en een flexibele schil.