De subsidie wordt per openstelling verdeeld op basis van een tendersysteem. Alle projecten die binnen de tenderperiode volledig zijn ingediend en die voldoen aan de subsidievereisten worden gerangschikt door een deskundigencommissie. Deze rangschikking bepaalt de verdeling van de middelen binnen het subsidieplafond. Vervolgens doet Stimulus een financieel inhoudelijke beoordeling van de projecten. De projecten gaan daarna naar het RVO, die toetst of ze voldoen aan de eisen van Europa. Wanneer dit in orde is, geeft Stimulus een beschikking uit aan het goedgekeurde project.