Stimulus Programmamanagement is in 1994 opgericht als uitvoeringsorganisatie van de SRE-gemeenten (samenwerkingsverband van 21 gemeenten in Zuidoost-Brabant) en de provincie Noord-Brabant om het management en de uitvoering van het toenmalige Stimulus I-programma 1994-1996 voor de regio Eindhoven in goede banen te leiden. Daarna volgde het beheer van het Stimulus II-programma 1997-1999. In de daaropvolgende jaren, vanaf het EPD 2000-2006, is Stimulus Programmamanagement uitgegroeid van een Zuidoost-Brabantse organisatie tot uitvoeringsorganisatie voor de besteding van de regionale structuurfondsmiddelen vanuit het EFRO voor heel Zuid-Nederland.

De uitvoering van de regionale structuurfondsprogramma’s is formeel de verantwoordelijkheid van de Managementautoriteit (MA), de provincie Noord-Brabant. De MA heeft deze taak gedelegeerd aan Stimulus Programmamanagement, dat hiermee de uitvoeringsorganisatie is voor het dagelijks programmamanagement voor de provincies Noord-Brabant, Zeeland en Limburg. Stimulus Programmamanagement wordt operationeel en functioneel aangestuurd door de provincie Noord-Brabant.