Voor het instrumenten Haalbaarheidsproject (paragraaf 1) geldt dat de behandeling plaatsvindt op volgorde van indiening (first come, first serve). De dag waarop de subsidieaanvraag volledig is, geldt hierbij als ijkmoment. Alle volledige aanvragen die op de eerste dag van de openstelling worden ontvangen worden gelijk behandeld. De beoordelingsvolgorde van deze aanvragen wordt bepaald door middel van loting.Voor het instrument R&D samenwerkingsprojecten (paragraaf 2) geldt dat zowel voor de grote als kleine R&D samenwerkingsprojecten gebruik wordt gemaakt van het tendermechanisme (één tender voor beide instrumenten). Alle aanvragen die binnen de tenderperiode volledig en juist zijn ingediend en die voldoen aan de regelingtechnische vereisten, worden kwalitatief beoordeeld door een externe, onafhankelijke adviescommissie (deskundigencommissie). Hierbij geldt dat op elk van de vier verdeelcriteria tenminste 10 punten behaald wordt en een minimaal vereiste totaal score van 50 punten. Indien de aanvraag betrekking heeft op een KIA waaraan de Gedeputeerde Staten prioriteit hebben toegekend, wordt het aantal punten voor verdeelcriterium 4 (de mate waarin maatschappelijke impact wordt gerealiseerd) verdubbeld. Hierbij blijft de voorwaarde van toepassing dat een aanvraag minimaal 10 punten per verdeelcriterium moet behalen en in totaal ten minste 50 punten dient te scoren.

Bij dreigende overschrijding van het subsidieplafond wordt een rangschikking gemaakt, waarbij de aanvragen met de hoogste kwaliteit (en score) het hoogste gerangschikt worden. Na afronding van de financieel-technische beschouwingen door Stimulus Programmamanagement worden de beschikbare middelen verdeeld in de volgorde van de rangschikking.