Een externe deskundigencommissie is verantwoordelijk voor de inhoudelijke beoordeling van projectaanvragen. Nadat aanvragen door Stimulus Programmamanagement zijn getoetst op volledigheid, beoordeelt de Deskundigencommissie de kwaliteit van aanvragen aan de hand van vijf landelijk vastgestelde criteria. De Deskundigencommissie geeft een zwaarwegend advies aan de Beheerautoriteit op basis van de kwalitatieve rangschikking van de aanvragen. De Deskundigencommissie kent een vaste kern en een flexibele schil.