Ja, mits beide partijen zelfstandige ondernemingen zijn.

Toelichting:
In de Subsidieregeling onder artikel 7 (subsidievereisten innovatieproject) is opgenomen:
Het innovatieproject wordt uitgevoerd door een samenwerkingsverband van partijen, waarin minimaal:

• Één MKB/KMO gevestigd in het Zuid-Nederlandse deel van de Regio, en
• Één MKB/KMO gevestigd in het Vlaamse deel van de Regio;
  Met partijen wordt bedoeld: minimaal twee zelfstandige ondernemingen (één uit de regio Zuid-Nederland en één uit de regio Vlaanderen).

Definitie van een zelfstandige onderneming :

• Je  bent volledig onafhankelijk, d.w.z. je hebt geen participatie in andere ondernemingen en geen andere onderneming heeft een participatie in die van jou;
• Je bezit minder dan 25 % van het kapitaal of de stemrechten (het hoogste cijfer telt) van een of meer ondernemingen  en/of andere ondernemingen bezitten niet meer dan 25 % van het kapitaal of de stemrechten (het hoogste cijfer telt) van jouw onderneming.

Deze gestelde regels gelden zowel upstream en/of downstream, dit betekent dat ondernemingen via een holding c.q. moedermaatschappij ook verbonden (kunnen) zijn.