De Provincie Noord-Brabant is Beheersautoriteit voor het OP-Zuid. Hiermee wordt de verantwoordelijkheid  voor de uitvoering en management van het OP-Zuid programma aangeduid. De Provincie legt als Beheersautoriteit verantwoording af aan de Europese Commissie en het Rijk.

Stimulus Programmamanagement
Het dagelijkse programmamanagement wordt uitgevoerd door  Stimulus Programmamanagement. Stimulus fungeert vanuit Eindhoven als het secretariaat van OP-Zuid en ondersteunt de Beheersautoriteit, het Comité van Toezicht en de Stuurgroepen bij het uitoefenen van hun verantwoordelijkheid. Stimulus begeleidt projectindieners bij het voorbereiden van hun aanvragen en de uitvoering van goedgekeurde projecten, bewaakt de financiële en inhoudelijke voortgang van het programma en zorgt voor de communicatie en publiciteit van het programma.

In aanvulling op het programmamanagement zijn in de provincies Limburg en Zeeland Provinciale Steunpunten ingesteld. In Noord-Brabant valt het steunpunt onder Stimulus Programmamanagement.
De Steunpunten dragen bij aan de uitvoering aan het programma onder meer door een eerste inhoudelijke beoordeling van de projectvoorstellen.

Comité van Toezicht (CvT)
Het Comité van Toezicht ziet toe op de effectiviteit en de kwaliteit van de uitvoering van het Operationeel Programma Zuid-Nederland. Het Comité besluit over de algemene strategie en het beleid en is verantwoordelijk voor het globale toezicht op de uitvoering van het programma. Het Comité van Toezicht wordt voorgezeten door de provincie Noord-Brabant als Beheersautoriteit.  Het CvT komt circa vier maal per jaar bijeen.

Stuurgroepen
Er zijn voor OP-Zuid drie Stuurgroepen ingesteld, respectievelijk voor de deelgebieden Zuidwest-Nederland, Zuidoost-Nederland en de Zuid-Nederlandse steden. Stuurgroepen beoordelen de projectvoorstellen inhoudelijk. De Stuurgroepen Zuidwest en Zuidoost beslissen over de toekenning van bijdragen aan projecten in de Prioriteiten 1 en 2 binnen hun deelgebied. De Stuurgroep Steden is verantwoordelijk voor het beoordelen van projecten in Prioriteit 3 “Stedelijke Dimensie” binnen de negen Zuid-Nederlandse GSB-steden. Elke Stuurgroep komt circa acht maal per jaar bijeen.